Un tempo, il genere umano si trovo' a combattere una battaglia epica contro il Regno Jamatai. Da un lato la Regina Himika, dotata di misteriosi poteri magici, e i potentissimi Mostri Haniwa al suo servizio. Dall'altro, lo staff della Base Antiatomica del Professor Senjiro Shiba e Jeeg, il robot d'acciaio. Nell'ultimo scontro, Jeeg riusc finalmente a
imprigionare Himika, ma per effetto dell'impatto di due forme di energia opposte, si creo' una misteriosa nube che avvolse l'intera isola di Kyushu.

Sono passati cinquant'anni da allora, quando all'improvviso nella citta' di Shimonoseki, la piu' vicina al Kyushu, appare un Mostro Haniwa. In un attimo, nelle menti di tutti riaffiorano i ricordi e l'orrore della terribile battaglia di mezzo secolo prima. Pero' la Base Antiatomica, che per anni ha vegliato sul Kyushu, e' pronta a confrontare il nemico dalla sua nuova, avveniristica sede!
Vola, Big Shooter! Lancia i componenti! Risvegliati Jeeg Robot, per sconfiggere il Regno Jamatai e riconquistare la terra perduta e dimenticata nello scontro contro il male!! E' tempo che i pugni perforanti tornino a perforare l'aria!